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《土壤肥料学通论》作为南京农业大学重点建设的一门覆盖作物生产类多学科领域的综合性基础课程，它是由《土壤学》和《植物营养与肥料学》两门课程合并来的。其前身可以追溯到1952年起我校开始为大农学类非土壤农化专业开设《土壤学》和《农业化学》。当时开设该课程使用的《土壤学》（上、下）教材，由我国土壤科学奠基人之一、原中国土壤学会理事长、著名农业教育家黄瑞采先生编著教材，正式出版，并一直在全国沿用近30年至上世纪80年代初，在国内产生广泛影响。此后，为了使教学内容适应大农学类各专业对土壤学知识的需求特点，本学科的易淑启、王立德教授专门编写了《土壤学》（农学类）教材。这种结构在我校一直沿用到2000年。南京农业大学的《植物营养与肥料学》课程是在原《农业化学》课程的基础上逐步发展起来的，1952年全国高等学校院系调整后，著名的植物营养学家裴保义教授就在南京农学院土壤学与农业化学系主讲《农业化学》，并编写了相应的讲义。文革一结束，南京农业大学裴保义教授与中国农业大学彭克明教授主编了全国高等农业院校通编教材《农业化学总论》。1985年国际著名的植物营养学家K. Mengel教授应邀在我校讲授《植物营养学》1个月，其后史瑞和教授于1988年编著出版了《植物营养原理》一书。1994年由我校和中国农业大学植物营养学系共同完成的《植物营养学》（上、下册）一书问世，至此《植物营养学》在我校形成了完整的课程体系。为了适应大农学类专业对植物营养学知识的需求特点，我们开设了《植物营养与肥料学》课程。1999年，为了应对我国高等教育的新形势，深化我校的教学改革，推动整个本科教学课程体系改革，南京农业大学率先在全国把《土壤学》和《植物营养与肥料》两门课程整合为《土壤肥料学通论》。
课程整合前《土壤学》和《植物营养与肥料》两门课程分别在大二下学期和大三上学期两个学期由土壤学科和植物营养学科不同的教师讲授，土壤部分的内容与肥料部分的内容被割裂开来，学生不知道学习土壤后有什么用，由此产生抵触情绪。到下学期学生开始学习肥料学知识时，学生基本忘记了与植物营养联系紧密的土壤知识，教师必须重新讲述，费时费力，效果较差。1999年课程整合后作为学校重点建设的覆盖作物生产类农学、园艺、植保、草业、生物科学等多专业的科类级基础必修课程，我们及时更新教学内容和优化知识结构，其教学内容突出了该课程的“三基”（基础知识、基本理论和基本技能）教学，这是教学的核心，随着学科的发展，“核心”必须赋予新的内容，应该与学科的最新进展、农业生产实际和学生将来走上工作岗位可能遇到的土壤肥料学问题紧密结合。于是根据不同专业的教学对象、不同的培养目标和教学要求，将土壤肥料学通论的教学内容分为二个层次，即经典内容和拓展内容，大幅度地减少重复内容。在此基础上，我们在高等教育出版社的资助下，从2000年开始编写适应新课程使用的教材，2001年由我校沈其荣教授为主编的“面向21世纪教材”《土壤肥料学通论》正式出版，该教材一经投入使用就受到各兄弟院校的好评，目前已经被高等教育出版社列入了“十一五”资助的优秀教材。2006年，受高等教育出版社的委托，沈其荣教授在国外的相关书籍中筛选出“Soil fertility and Fertilizers”这本书，推荐作为《土壤肥料学通论》课程平行的双语教材。
作为教学改革的一项成果，本课程2006年成为省一类精品课程。该课程在我校的覆盖面很广，目前已成为农学、植保、园艺、动科4个学院8个专业的专业基础必修课程和2个学院的专业选修课程，每年修读该课程的人数高达400多人，受益面广。近十年来的实践证明，本课程的建设与改革着眼点高，对培养适应21世纪需求的农学和非农学类不同类型人才的培养发挥了十分重要的作用，也对整个本科教学课程体系的改革起了有力的推动作用。
2004年《土壤肥料学通论》课程被评为南京农业大学校级精品课程。
2006年《土壤肥料学通论》课程被评为江苏省一类精品课程。
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